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传染病预防控制国家重点实验室(State Key Laboratory of Infectious Disease Prevention and Control, SKLID)于2005年3月22 日经科技部批准正式成立、进入建设时期。2011年1月7日通过评估。SKLID 的依托单位为中国疾病预防控制中心,学术委员会主任为中国疾病预防控制中心主任王宇教授,实验室主任为徐建国研究员。

徐建国院士团队“细菌最小核心基因组分型”论文下载量超百万次

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徐建国院士团队“细菌最小核心基因组分型”论文下载量超百万次


徐建国院士团队2014年在美国微生物学会临床微生物杂志(Journal of Clinical Microbiology, JCM)发表的病原性细菌最小核心基因组分型论文“Minimum core genome sequence typing of bacterial pathogens: a unified approach for clinical and public health microbiology”(DOI: 10.1128/JCM.00535-13)下载量达1058631次1

在细菌性传染病调查研究中经常遇到的一个问题是,许多分离株在分类学上同属一个“种(species)”,但致病性千差万别,有的致病性很强,有的根本没有致病性,给疫情判断、治疗预防、卫生决策等带来困难。猪链球菌就是这样。

猪链球菌包括50余个血清型,上千个序列型。序列7型猪链球菌(Streptococcus suis sequence type 7)1996年在中国首次显现,成为猪链球菌毒力最强的分支,1998年在江苏引发疫情;2002-2004年间陆续分化为5个新的分支,2005年在四川引发世界上最大的一次人间疫情。部分患者表现出链球菌中毒性休克样综合征,病情凶险,病死率高。可是,在北美流行的序列25型等菌株,致病力很低,几乎不引起人间感染。此外,猪链球菌也是猪咽部的正常菌群,阳性率接近百分之百。

那么,如何认识和及时发现这些具有重要公共卫生意义的猪链球菌呢?徐建国院士团队提出最小核心基因组(Minimum Core Genome)分型方法的概念。也就是说,把所有菌株共有的基因挑选出来,称之为“最小核心基因组”。使用所有菌株共有的最小核心基因组,依据遗传相关性,对各种各样的分离菌株进行分类。

他们发现,在猪链球菌的2469个基因中有1077个是所有测试菌株共有的。删除201可移动基因,把剩下的876个基因定义为猪链球菌的最小核心基因组(MCG)。在猪链球菌的最小核心基因组中,存在58501个单核苷酸多态性(SNP)。使用Structure软件对5.8万个SNPs进行分析,可将猪链球菌种群分为7个组,命名为MCG 1-7(Minimum core genome group 1-7)。所有能够感染人的菌株都在MCG1组。在此基础上,筛选出10个SNPs,发展了快速检测MCG型别的PCR方法。在临床和公共卫生实验室中,一旦发现分离的猪链球菌属于MCG 1组,就应该高度关注,存在发生暴发疫情和死亡的可能性。使用细菌最小核心基因组分型方法将病原菌进行分组的思路,已经在军团菌等领域应用2。具有普遍性意义。猪链球菌领域很小,论文能够引起如此关注还是很意外的。

论文的共同第一作者是中国疾控中心传染病所陈晨研究员、张雯副研究员、郑翰研究员、澳大利亚南威尔士大学兰瑞廷研究员等。加拿大蒙特利尔大学全球著名的猪链球菌专家Marcelo Gottschalk做出了重要贡献。